COVID-19 (SARS-CoV-2)
COVID-19 (SARS-CoV-2) v. 2.3

Agens/Analyser

COVID-19, SARS-CoV-2 nukleinsyrepåvisning

Indikasjon

SARS-CoV2 kan gi luftveisinfeksjon hos mennesker. Sykdomsbildet varierer fra lette luftveissymptomer og feber til alvorlig sykdom og dødsfall. Pasienter med kroniske sykdommer er spesielt utsatt.

Inkubasjonstid: antatt 2-14 dager

 

Se Folkehelseinstituttets hjemmesider for oppdaterte retningslinjer for testing https://www.fhi.no

 

Hvis du er i tvil om indikasjon, ta kontakt med vakthavende mikrobiolog, 69412.

Prøvemateriale

Prøve fra nasofarynx OG hals på virus-transportmedium (TMVL). Prøvene tas med samme prøvepinne eller man kan putte begge prøvepinnene i ett TMVL rør.

 

Prøver fra nedre luftveier (ekspektorat/BAL) er anbefalt ved alvorlig klinikk og hvis praktisk mulig. Slike prøver sendes i steril beholder.

 

Forsendelse og holdbarhet

Prøvene leveres til prøvemottak

Oppbevares i kjøleskap inntil forsending.

Prøvetakning

Følgende beskyttelsesutstyr skal benyttes av personell som tar prøven:

 

Beskyttelsesutstyr ved prøvetaking nasopharynx og svelg: Frakk, hansker, visir og kirurgisk munnbind

 

Ved prøvetaking fra nedre luftveier (bronkoskopi/BAL/indusert sputum) skal alt personell i rommet bruke beskyttelsesutstyr, inkludert visir og åndedrettsvern (N95/FFP2 eller FFP3-maske).

 

Prøveglass desinfiseres med overflatedesinfeksjonssprit når de tas ut av rommet.

 

Se EQS 39300 for detaljer om bruk av beskyttelsesutstyr.

 

 

Rekvirering

Prøven rekvireres i Dips ved å velge «SARS-CoV-2 PCR»  under fanen 12.Mikrobiologi. Vi oppfordrer til å benytte dette valget når det kun er SARS-CoV-2 PCR analysen som ønskes.

 

Dersom det er indikasjon for analyse for også andre luftveisagens rekvireres «Luftveis-PCR». Alle prøver der det er rekvirert «Luftveis-PCR» vil også bli analysert for SARS-CoV-2, unntatt der det foreligger tidligere positiv prøve for SARS-CoV-2.

 

Kontrollprøve etter påvist SARS-CoV-2 er sjelden indisert, dersom dette likevel er ønskelig må dette fremgå tydelig under kliniske opplysninger.

 

Kliniske opplysninger, inkludert relevant reiseanamnese påføres for trygg og korrekt prøvebehandling.

 

Telefonnummer til rekvirent påføres for effektiv formidling av prøvesvar.

 

Undersøkelse

Kvalitativ påvisning av SARS-CoV-2 RNA med sanntids polymerasekjedereaksjon (PCR).

Tolkning

SARS-CoV2 Postiv eller Negativ.

Svartid

1-2 dager

Merknader

Påvist smittetilfelle av covid-19 skal straks varsle kommuneoverlegen. Dødsfall av covid-19 skal også varsles til kommunelegen etter MSIS-forskriften § 3-1.

Bekreftet tilfelle med COVID-19 er også pr 31. januar 2020 gjort meldepliktig i MSIS.

 

Husk også å varsle smittevernseksjonen på Ahus for vurderinger med tanke på smitteoppsporing blant eksponert helsepersonell.

Hurtigdiagnostikk

SARS-CoV-2 PCR på GeneXpert eller Cobas Liat er tilgjengelig for bruk for utvalgte pasientgrupper. Laboratoriet avgjør hvilket instrument som benyttes basert på reagenstilgang og personell.

På grunn av pris og reagensmangel må hurtigPCR rekvireres på streng indikasjon. Prøver fra følgende pasientgrupper vil være aktuelle for analysen:

  1. Pasienter i behov av intubasjon eller non-invasiv ventilasjonsstøtte på overvåkningsavdeling eller intensiv, der et raskt prøveresultat vil ha avgjørende betydning for isolasjon og/eller behandling.
  2. Pasienter i behov av øyeblikkelig hjelp operasjon der raskt prøveresultat vil ha avgjørende betydning.
  3. Pasienter der avklaring av smittestatus er av avgjørende betydning i en situasjon med kritisk drift.
  4. Utvalgte ansatte etter avtale med diagnosestasjonen. 

 

Rekvirering - pasienter

Analysen rekvireres i DIPS på samme måte ordinær SARS-CoV-2 PCR. For at prøven skal bli analysert ved hurtigdiagnostikk må rekvirent:

 

Nordbyhagen: ringe til prøvemottak på telefon 62126 og avtale at prøven skal analyseres med hurtigPCR. Prøven må leveres personlig i prøvemottak etter avtale med prøvemottak.

 

Kongsvinger: Levere prøven til en ansatt på lab (evt.ring 87099 i vaktsammenheng) og avtale at prøven skal analyseres med hurtigPCR.

 

Rekvirering – ansatte

Ved akutt mangel på kritisk personell der ansatte fra land med karanteneplikt må testes for å kunne gå på vakt kontaktes Diagnosestasjonen for ansatte ved  Callsenteret 65870 eller fellesmail.diagnosestasjon@ahus.no  Disse analysene kan ikke rekvireres via DIPS.

 

 

 

Agens/Analyser

SARS-CoV-2 variantscreening (PCR)

Indikasjon

 

 

 

 

Det er økt oppmerksomhet omkring enkelte varianter av SARS-CoV-2 da disse er antatt å ha høyere smittsomhet. Påvisning av varianter under særlig overvåkning kan medføre strengere smitteverntiltak i forbindelse med smitteoppsporing.

 

Prøver som er positive for SARS-CoV-2 ved ordinær PCR eller hurtig-PCR, vil undersøkes videre med SARS-CoV-2 variantscreening (PCR) forutsatt at det er høy nok virusmengde i prøven.

 

Prøvemateriale

 

Samme prøven som er sendt inn til SARS-CoV-2 PCR benyttes. Det skal ikke sendes egen prøve til variantscreening.

 

Forsendelse og holdbarhet

 

Prøvene leveres til prøvemottak

Oppbevares i kjøleskap inntil forsending

 

Prøvetakning

 

Se COVID-19, SARS-CoV-2 nukleinsyrepåvisning (InHouse PCR)

 

Rekvirering

 

Analysen rekvireres av laboratoriet ved på SARS-CoV-2 PCR positive prøver med tilstrekkelig virusmengde.

Undersøkelse

 

Analysen er en screeningPCR som basert på deteksjon av mutasjoner sannsynliggjør tilstedeværelse av varianter under særlig overvåkning. Analysen kan sannsynliggjøre følgende varianter: 501Y.V1/B.1.1.1.7 (UK variant) eller B.1.525 «Outsider variant», 501Y.V2/B.1.351 (Sør-Afrika variant) eller 501Y.V3/P.1 (Brasil variant)

 

Tolkning

 

Sannsynlig B.1.1.7 eller B.1.525 / Sannsynlig B.1.351 eller P.1 / Ikke påvist/ Inkonklusiv

Svartid

 

2-5 dager.

Analysen settes opp alle hverdager.

Merknader

 

Svar formidles skriftlig til rekvirent.

 

Kopi av svaret vil også overføres til laboratoriedatabasen/MSIS.

 

Utvalgte prøver vil analyseres videre med sekvensering.

 

Agens/Analyser

COVID-19, SARS-CoV-2 antistoffpåvisning

Indikasjon

 

 

Anbefalt diagnostikk ved mistanke om aktuell infeksjon med SARS-CoV-2 vil som tidligere være prøve fra øvre eller nedre luftveier til PCR-undersøkelse. Antistoffutviklingen tar tid, og antistofftesten vil ofte være negativ tidlig i sykdomsforløpet. Tidspunkt for serokonversjon varierer fra pasient til pasient, men antistoff vil vanligvis kunne påvises fra ca 2 uker ut i sykdomsforløpet.

Hovedindikasjon for antistofftest er spørsmål om gjennomgått infeksjon med SARS-CoV-2. Det er imidlertid usikker sammenheng mellom påvisbart antistoff og beskyttende immunitet.

Analysen vil også kunne være nyttig som diagnostisk supplement for enkelte pasienter med lengre sykdomsvarighet, da sensitiviteten for PCR faller utover i sykdomsforløpet.

Det vil også kunne være aktuelt å rekvirere analysen ved spørsmål om antistoffutviking etter vaksinasjon. Men også for denne problemstillingen gjelder det at sammenhengen mellom påvisbart antistoff og beskyttende immunitet foreløpig er usikker.

Riktig tolkning av resultatet er avhengig av informasjon om klinisk problemstilling. Rekvirent anbefales derfor å angi klinisk informasjon og indikasjon for undersøkelsen når analysen rekvireres.

Se Folkehelseinstituttets hjemmesider for oppdaterte retningslinjer for testing https://www.fhi.no

Prøvemateriale

Serum - 5 mL gelrør

Forsendelse og holdbarhet

Prøvematerialet er holdbart i 7 dager ved 2-8 °C.

Prøvetakning

Prøven rekvireres i Dips ved å velge «Infeksjonsimmunologi».  Ønsket analyse for Covid-19/ SARS-CoV2, skrives i feltet for kliniske opplysninger.

I DIPS Interactor og i IHR kan undersøkelsen velges direkte fra analyseoversikten.

Kliniske opplysninger inkludert tidspunkt for eventuell sykdom, og sykdomsvarighet (ved spørsmål om aktuell infeksjon) er viktig for riktig tolkning av prøvesvaret.

Rekvirering

Fra uke 5 2021 vil det bli utført to analyser:

-       Elektrokjemiluminiscens immunoassay (ECLIA) for kvalitativ påvisning av totalantistoff mot SARS-CoV-2 nukleokapsidantigen.

-       Indirekte kjemiluminescens immunoassay (CLIA) for kvalitativ bestemmelse av IgG antistoff mot S1- og S2-subenheten av SARS-CoV-2 spikeantigen.

 

Undersøkelse

Antistoff ikke påvist: Resultatet utelukker ikke aktuell eller tidligere infeksjon, eller vellykket vaksinasjon. Antistofftesten ofte vil være negativ tidlig i forløpet, og ikke alle danner antistoffer etter gjennomgått infeksjon eller vaksinasjon. Tidspunkt for serokonversjon varierer fra pasient til pasient, men antistoff vil vanligvis kunne påvises fra ca 2 uker ut i sykdomsforløpet.

Gråsone: Usikker immunstatus. Kontrollprøve anbefales om 1-2 uker

Nukleokapsid-antistoff påvist: Aktuell eller gjennomgått infeksjon med SARS-CoV-2 sannsynlig.

Spike-antistoff påvist: I tillegg til aktuell eller gjennomgått infeksjon med SARS-CoV-2, vil også vaksinasjon indusere produksjon av spike-antistoff.

For begge analysene gjelder det at sammenhengen mellom målt antistoffrespons og beskyttende immunitet foreløpig er usikker.

Tolkning

1-5 virkedager

Svar sendes ut først når svar på alle rekvirerte analyser foreligger.

Svartid